يعتبر محمد بن عيسى من أشهر علماء الشيعة في زمانه

:

قبل فترة من الزمن كان هناك ملكاً يكره الشيعة في البحرين .  و كان أحد وزراءه أكثر حقدا منه على للشيعة وكان يفكر في طريقة يتخلص بها من الشيعة و يمحيهم من أرض البحرين .  في أحد الأيام جاء بفكرة وهي أن يصنع قالبا محفور فيه :  " لا إله إلا الله  ،  محمد رسول الله ،  أبو بكر وعمر وعثمان و علي خلفاء الله . "   ثم وضع القالب على نبتة رمانة في شجرة في بيته .  بعد فترة من الزمن كبرت الرمانة وحفرت عليها الجملة المذكورة .  فقطف الوزير الرمانة وأتى مستبشرا إلى الملك  وهو يقول :  " أنظر يا ملك إلى الرمانة التي وجدتها في حديقة بيتي ،  لا شك  أن هذه  رسالة من الله بأن الشيعة ليسوا على حق. "  فتعجب الملك من هذا الخبر ودعا أكبر علماء الشيعة وأعطاهم 3 خيارات .  الأول :  أن يدفع الشيعة الجزية للحكومة كاليهود و النصارى لأنهم ليسوا مسلمين  .  الثاني :  أن يقتل الملك جميعهم .  الثالث :  أن يقنعوا الملك بأنهم على حق ويأتوه بالجواب .

 اختار علماء الشيعة الخيار الثالث وطلبوا ثلاثة أيام ليأتوا بجواب للملك .  اجتمع جميع علماء الشيعة في البحرين واختاروا من بينهم عشرة من أفضل العلماء ليذهبوا إلى الصحراء ويدعوا الإمام الحجة بأن يأتيهم بجواب .  ولكن كان لديهم ثلاثة أيام فقط ،  فاختاروا ثلاثة من بين هؤلاء العشرة  .  في الليلة الأولى ذهب العالم الأول ولكنه رجع بدون جواب .  وفي الليلة الثانية ذهب العالم الثاني وهو أيضا رجع من دون جواب .  أما في الليلة الثالثة ذهب محمد بن عيسى  ( العالم الثالث ) إلى الصحراء وأخذ يبكي ويدعوا أن يحل الإمام المهدي مشكلته .  وهو في حالة البكاء، أتاه رجل وسأل عن حاله فأجابه محمد بن عيسى أن لا شغل له عند هذا الرجل وأنه يطلب من الإمام الحجة .  فقال له الرجل أنه هو الإمام المهدي ويعرف الحل لمشكلته وهو :  أن يذهب محمد بن عيس إلى بيت الوزير ويدخل الغرفة الفلانية ،  فيرى في الغرفة درجا فيفتحه ويراه مقسما وفي القسم الأعلى يجد سلة و في السلة يجد القالب الذي استعمله الوزير .   أيضا سيرى  بأنّ الرمانة قد تحول داخلها إلى رماد .  ففرح محمد بن عيسى وجاء إلى الملك مستبشرا وقال أن الحل في بيت الوزير .